바이오융합공학과는 바이오자원을 활용하여 인류 발전과 인간 및 자연생태계의 건강성 증진에 기여하고, 생명공학기술(BT), 환경기술(ET), 정보화기술(IT), 나노기술(NT), 등 첨단 과학기술을 융합시켜 바이오소재, 바이오에너지, 지속 가능한 환경시스템 관리를 위한 이론과 융합기술을 개발할 수 있는 인재를 양성한다.
바이오융합공학 분야의 중점 분야로는 첫째, 바이오연료 생산 기술과 의약품, 섬유 및 친환경 소재 등을 개발하는 바이오소재 기술이 있고, 둘째, 폐자원바이오에너지기술, 지속 가능한 환경시스템기술 등의 기후변화 대응을 위한 환경과학기술 개발 분야가 있다.